두개의 창을 띄운 후, 다른 창에서 다른 하나창의 데이터를 건드리고 싶습니다.

위에 @donghun_lee 님께서 답변해 주신 대로 하나의 ViewModel을 1번 View와 2번 View에서 공유하시면 됩니다.
ViewModel에 View1에 보여질 데이터 목록 속성과 View2에서 사용할 동작(Command 등)을 정의하시면 됩니다.

var viewModel = new ViewModel();

View1.DataContext = viewModel;
View2.DataContext = viewModel;