GitHub Pages는 위키 뿐만 아니라 정적 웹 페이지는 무엇이든 다 호스팅할 수 있어서 마치 정적 웹 서버처럼 이용할 수 있는 느낌이 강합니다. 심지어는 웹 사이트가 아니라 파일을 저장하고 공유하기 위한 목적으로도 이용할 수 있습니다. (예: 식탁보 프로젝트 카탈로그)
반면 GitHub Wiki는 GitHub 리포지터리 내에 추가되는 위키 메뉴에 들어갈 콘텐츠만 다루며, 플랫 구조로 만들어진 마크다운 문서 위주로만 보이게 등장합니다. 다른 파일을 넣을 수 있긴 하지만 주 용도가 위키 문서 저장 공간이라 범용적으로는 쓰기 어렵습니다.
만약 프로젝트 문서 정리가 주 목적이지만 문서 사이트를 간단히 만들려 한다면 GitHub Wiki를 쓰시는게 적정하겠습니다.