각 버전 간에 Breaking Change, 개선 사항, 변경 사항을 자세히 정리한 문서가 있어 공유드립니다. 버전을 선택해서 정확한 내용을 볼 수 있는 옵션도 제공되므로 확인하시면 좋을 것 같습니다.
.NET Framework 내부에 문서화되지 않은 API를 이용하거나, OS 버전에 종속되는 기능에 깊이 의존하시는 것이 아니라면 .NET Framework의 코어 버전 (1.0, 1.1, 2.0, 4.0)의 틀에서 벗어나는 경우나 변화 폭이 컸던 버전 (2.0/3.0 → 3.5, 4.0 → 4.5)으로 옮기는 경우를 제외하면 대체로 문제되는 일이 많지는 않을 것입니다.