크게 세 갈래로 나뉘는 것 같습니다. 자바 네이티브를 우선시 하면서도 (1) 무료 환경을 선호하는 경우에는 말씀하신대로 Eclipse를, (2) 유료 개발 환경을 선호하는 경우 IntelliJ를, 그리고 (3) 최근 추세를 따라서 VS Code 기반의 개발 환경을 선호하는 경우 RedHat이 만든 Java LSP Extension을 쓰는 경우로 구분되는 것 같습니다.
자바 네이티브라는 관점에서 Eclipse와 IntelliJ는 비슷한 점이 있지만, IntelliJ 쪽이 IDE에서 사용하는 자바 VM의 데스크톱 상의 성능 최적화에 좀 더 신경쓴 점이 많고, 상용 IDE이다보니 개발 회전 속도가 빨라서 최적화나 사용자 피드백 수용 속도가 더 빠른 점이 있습니다. 그래서 생산성을 위해서라도 일부러 유료 IDE를 구입하시는 경우도 많은 것 같고요.